единственно что приходит на ум это прогнать тест на чтение программкой типа HDD Scan, она покажет график, он должен быть равномерным, иначе можно задуматься.
у меня была подобная проблема с материнкой foxconn, глючил SATA контроллер, из-за чего были подобные проблемы, пришлось мать менять, хотя...