смотря где находится загрузчик, если убьёшь раздел с загрузчиком, прийдётся восстанвливать, так что осторожнее, а так, нужно в той системе которую оставить хочешь подправить файлик boot.ini, удалить строку с ненужной системой, а потом можешь просто удалить раздел с ненужной системой, ну или...